Водное питание озера осуществляется преимущественно за счёт водообмена с Дунаем через озеро Кугурлуй. С севера в озеро впадает река Ялпуг, с востока, возле сёл Тополиного и Криничного, соответственно, — небольшие речки Мынзул и Карасулак. В настоящее время влияние рек на водный баланс озера практически отсутствует, так как из-за существенного зарегулирования, сток вод из рек в озеро практически прекратился. Также некоторое влияние на водный баланс имеет сток дождевых вод по системе балок, сходящихся к озеру.
НПУ (нормальный подпорный уровень) установлен на отметке 2,8 метра Балтийской системы (мБС), однако в результате существенных летних испарений и затрат воды на водопотребление города Болграда, прибережных сел и орошение уровень воды в жаркие периоды года существенно снижается, так как заполнение озера возможно исключительно при существенном весеннем паводке в реке Дунай.
Температура воды летом +24 — +25 °C; зимой озеро замерзает, ледовой режим нестабильный. Минерализация воды до 1 — 1,5 г/л. Дно озера покрыто темно-серой, на севере — чёрной сероводородной грязью, на мелководье дно песчаное.