До 1247 года преподавал в Парижском университете — читал лекции по Аристотелю на факультете искусств. Во время своего пребывания в Париже Бэкон приобрёл известность благодаря своим спорам со схоластами; он также получил степень доктора философии и заслужил почётный титул «doctor mirabilis».
В 1250 году Бэкон возвратился в Оксфорд, где преподавал в университете; вероятно, в это же время он вступил во францисканский орден. Слава Бэкона быстро распространилась в Оксфорде, хотя она несколько омрачилась подозрениями в занятиях чёрной магией и в отступничестве от догматов Католической церкви. Около 1257 года генерал ордена Бонавентура запретил лекции Бэкона в Оксфорде, приказал ему оставить город и отдал его под надзор ордена во францисканский монастырь в Париже. Только благодаря покровительству папы Климента IV, занявшего престол в 1265 году, Бэкон получил возможность опубликовать три больших трактата (охватывают приблизительно один и тот же достаточно широкий круг проблем и написаны примерно в одно время): «Большой труд» (Opus majus), «Меньший труд» (Opus minus; дополнение к «Большому») и «Третий труд» (Opus tertium; краткое изложение идей «Большого»). В качестве приложения к Opus majus и Opus minus Папе был послан также специальный трактат De multiplicatione specierum, в котором находят своё отражение натурфилософские взгляды Роджера Бэкона. Однако смерть папы, последовавшая в 1267 году, похоронила надежды Бэкона на осуществление его замыслов.