Формирование армии при подготовке к походам было слабым местом в обороне страны. Издревле короли собирали шляхетское ополчение, которое иной раз могло ослушаться монаршей воли. Военная реформа была проведена по западноевропейскому образцу. И отныне в королевской армии служили наёмники, в том числе иностранные, а именно венгры и немцы.
Ливонская война, начавшаяся в 1558, поначалу была неудачной, но используя маневрируя войсками и вовремя подтягивая резервы, Стефану Баторию удалось переломить ход боёв. Мобильные конные соединения помогли в короткое время освободить Прибалтику и занять Смоленщину. Но героические защитники Пскова не дали развить дальнейшее наступление. И в 1582 был подписан Ям-Запольский мир.
Религиозное противостояние между католиками и протестантами приводило к интригам и скандалам. Один из которых связан с племянницей короля – Эрджбэтой. Распространялись слухи, что ради продления своей молодости она загубила полтысячи девиц. А их кровь использовала для косметических ванн. В ходе расследования оставалось много сомнений, и ее подвергли домашнему аресту до конца жизни. Происхождение из загадочной Трансильвании рода Баториев дает большой простор для фантазии.
Под руководством Стефана страна успешно отражала также набеги с южных рубежей. Крымские татары часто устраивали неожиданные конные набеги вглубь страны. Для обороны польский король поддерживал запорожских казаков, дав им относительную автономию и финансовую поддержку. Спокойнее стало и на западных рубежах.
Смерть настигла Стефана Батория в возрасте 53 лет в 1586. Останки короля покоятся в усыпальнице Гродно. Несмотря на тяжелое положение страны, Стефану Баторию удалось выстроить гибкую систему власти. Магнаты не были заинтересованы в сильном короле, но покорились его воле. Будучи венгром по происхождению и не зная языков подданных, Стефан Баторий снискал добрую славу короля, который сохранил и укрепил страну.