Два раза Иван III Васильевич посылал послов в Новгород с добрыми пожеланиями образумиться и вступить в земли Московские, митрополит московский пытался убедить новгородцев «исправиться», но всё тщетно. Пришлось Ивану III совершить поход на Новгород (1471 г.), в результате которого новгородцы были разбиты сначала на реке Ильмень, а затем Шелонь, Казимир же не пришел на помощь.
В 1477 г. Иван III Васильевич потребовал от Новгорода полного признания его своим хозяином, что вызвало новый мятеж, который был подавлен. 13 января 1478 г. Великий Новгород полностью подчинился власти московского государя. Чтобы окончательно усмирить Новгород, Иван III в 1479 г. сменил новгородского архиепископа Феофила, неблагонадежных новгородцев переселил в московские земли, а на их земли поселил москвитян и других жителей.