Основным фактором ухудшения качества подземных вод является их соприкосновение с четвертичными отложениями(песко-гравийная смесь), располагающаяся над карбоновыми отложениями(известняковым горизонтом).
Воды этих отложений проникают в трещеновитые известняки, вызывая ожелезивание глубоких вод до10 мг /л и более .Загрязняя четвертичные отложения канализационными сбросами, наносится огромный вред известняковому горизонту. Особенно это происходит в тех районах, где нет верхнего водоупора ( слой различных глин) защищающий карбоновые отложения.
Следующим фактором является неправильное бурение скважин, когда не создается герметичность между верхними водами и известняковым горизонтом и подток верхних вод идет между обсадной колонной и затрубным пространством в водоносный горизонт. Это происходит из-за несоблюдения технологии бурения, спаривании горизонтов друг с другом.