Между эктоплазмой и эндоплазмой у свободноживущих пресноводных форм имеется одна или две сократительные вакуоли. Их главной функцией является регуляция водно-солевого баланса в клетке. Содержание солей в клетке значительно выше, чем в окружающей ее пресной воде. По закону осмоса растворитель всегда пассивно перемещается из области более низкой концентрации растворенного вещества в область более высокой концентрации. В дано случае растворителем является вода, которая должна постоянно проникать в клетку простейшего, что бы разбавить относительно высокое содержание солей в цитоплазме. Однако чрезмерное обводнение клетки неминуемо повлечет за собой ее гибель. Что бы этого не случилось, сократительные вакуоли время от времени пульсируют, выбрасывая из клетки поступившую в нее лишнюю воду (систола сократительной вакуоли) . Продолжительность паузы между двумя сокращениями пропорциональна концентрации солей в окружающей клетку жидкости – чем она ниже, том чаще сокращаются вакуоли, и наоборот. Соответственно морские и паразитические простейшие не нуждаются в сократительных вакуолях, поскольку содержание солей вокруг них такое же, как и в цитоплазме. Поэтому такие органеллы имеют только пресноводные простейшие