К середине XIX века на территорию современной Намибии проникли британские и немецкие миссионеры и коммерсанты. Гереро и нама, желая получить ружья и патроны, продавали им скот, слоновую кость и страусовые перья. Немцы утвердились в регионе крепче и в 1884 году объявили прибрежную область от реки Оранжевой до Кунене немецким протекторатом. Они проводили агрессивную политику захвата земель для белых поселений, используя как средство вражду между нама и гереро.
Гереро вступили с немцами в союз, надеясь получить верх над нама. Немцы поставили гарнизон в столице гереро и начали раздавать земли белым переселенцам, в том числе с лучшими пастбищами центрального плато. Кроме того, они установили систему налогообложения и принудительного труда. Гереро и мбандеру взбунтовались, но немцы подавили восстание, а лидеров казнили.
Чума крупного рогатого скота между 1896 и 1897 годами разрушила основу экономики гереро и нама и замедлила продвижение белых. Немцы продолжали превращать Намибию в землю белых переселенцев, захватывая земли и отбирая скот и даже пробуя экспортировать гереро на работы в Южную Африку.
В 1904 году гереро подняли восстание. Немецкий генерал Лотар фон Трота применил против них политику геноцида в битве при Ватерберге, что заставило гереро мигрировать на запад от пустыни Калахари. К концу 1905 года выжило только 16 тысяч гереро из 80. Сопротивление нама было раздавлено в 1907 году. Все земли и весь скот нама и гереро конфисковали. Из-за уменьшения населения рабочую силу начали завозить с овамбо.
Нгуниленд
Между 1815 и 1840 годами на юге Африки воцарился беспорядок, который получил название мфекане. Процесс начался в северных корлевствах нгуни Мтетва, Ндвандве и Свазиленд из-за недостатка ресурсов и голода. Когда умер Дингисвайо, правитель Мтетвы, верх взял правитель зулусов Чака. Он установил государство КваЗулу, подчинившее себе ндвандве и вытеснившее свази на север. Миграция ндвандве и свази привела к увеличению области мфекане. В 1820-х Чака расширил границы своих владений до подножия Драконовых гор, ему платили дань даже области на юг от реки Тугела и Умзимкулу. Он замещал вождей покорённых поселений наместниками-индунами, которые подчинялись ему. Чака организовал централизованное, дисциплинированное и преданное войско, вооруженное короткими копьями, равного которому в регионе ещё не было.
В 1828 году Чака погиб от руки своего сводного брата Дингаана, у которого не было таких военных и организационных способностей. В 1938 году воортреккеры попытались оккупировать земли зулусов. Сначала они потерпели поражение, но потом перегруппировались на реке Кровавой и разгромили зулусов. Тем не менее, трекеры не осмелились поселиться на зулусских землях. Дингаана убили в 1840 году во время гражданской войны. Власть взял в свои руки Мпанде, которому удалось укрепить владения зулусов на севере. В 1879 году в земли зулусов вторглись британцы, стремившиеся подчинить себе весь юг Африки. Зулусы одержали победу в битве при Изандлване, но потерпели поражение в битве при Улунди.
Одним из крупнейших государственных образований, которые образовались после мфекане, было Лесото, основанное на плато Таба-Босиу вождём Мошвешве I между 1821 и 1822 годами. Это была конфедерация посёлков, которые признавали власть Мошвешве над собой. В 1830-х Лесото пригласило к себе миссионеров, стремясь получать огнестрельное оружие и лошадей из Капской провинции. Оранжевая республика постепенно уменьшала владения сото, но полностью не смогла их победить. В 1868 году Мошвешве, пытаясь сохранить остатки страны, предложил британцам аннексировать свои владения, которые стали британским протекторатом Басутолендом.
Великий трек
Подробнее: Великий трек
На начало XIX века большая часть земель готтентотов оказалось под контролем буров. Готтентоты потеряли экономическую и политическую независимость и были поглощены бурским обществом. Буры разговаривали на языке африкаанс, происходившего от нидерландского. Они стали называть себя уже не бурами, а африканерами. Часть готтентотов использовалась как вооруженные ополченческие отряды в рейдах против других готтентотов и коса. Возникло смешанное население, которое называли «капскими цветными». В колониальном обществе им отводились низшие ступени.