Со второй половины XVI до начала XIX века башкиры занимали земли от левого берега Волги на юго-западе до верховьев Тобола на востоке, от реки Сылвы на севере до среднего течения Яика на юге[15].
К 1557 году состоялось добровольное вхождение большей части современного Башкортостана в состав России. После падения Казани Иван IV обратился к башкирам с призывом добровольно войти в состав Русского государства.
Первыми в 1554 году к царскому наместнику в Казани приехали послы северо-западных башкирских родов и заранее договорились об условиях вхождения. В 1554—1555 годах в Казань ездили представители племён юрматы, бурзян, кыпсак, усерган, тамьян.
В 1555—1556 годах послы башкирских родов отправились в Москву за так называемыми «жалованными грамотами», в которых были изложены условия их вхождения в состав Русского государства. В них оговаривалось полное право башкир распоряжаться своей территорией, иметь на ней собственное войско, администрацию, религию (См. также Вотчинное право башкир). При этом государство брало на себя обязательства помогать башкирам в отражении внешней агрессии, за что башкиры должны были платить ясак и выделять войска для участия в оборонительных войнах России[16].
О добровольном присоединении к России и получении башкирами жалованных грамот говорится и в хронике старшины Кидраса Муллакаева, сообщенной П. И. Рычкову и опубликованной затем в его книге «История Оренбургская»: «…не только те земли, где они прежде подданства своего, будучи ещё малолюдни и в крайнем убожестве жили, а именно — за Камою рекою и около Белой Волошки (коя после Белою рекою названа), им, башкирцам, подтверждены, но сверх того и другими многими, на которых они ныне жительствуют, пожалованы, как это свидетельствуют и жалованныя грамоты, которыя у многих поныне имеются».
Исключительность отношений башкир и России отражено в «Соборном Уложении» 1649 года, где у башкир под страхом конфискации имущества и государевой опалы запрещалось «…бояром, околничим, и думным людям, и стольникам, и стряпчим и дворяном московским и из городов дворяном и детям боярским и всяких чинов русским людям поместным всяких земель не покупать и не менять и в заклад, и сдачею и в наём на многие годы не имать.»
К середине XVII века, после распада Сибирского ханства, фактически, состоялось окончательное вхождение территории нынешнего Башкортостана в состав России.