Государственный заповедник Аксу-Джабаглы расположен в западной оконечности хребта Таласский Алатау в Западном Тянь-Шане. Заповедник занимает горный участок на высотах от 1300 до 4200 м над ур. моря. Северные и западные границы его проходят по склонам хребтов Джабаглытау, Таласский Алатау и Угамский на уровне 1300-1600 м, на юге и юго-востоке заповедник граничит с Киргизией и Узбекистаном по высокогорьям Таласского и Угамского хребтов.
По современному физико-географическому районированию территория заповедника относится к Западно-Тянь-Шаньской провинции Среднеазиатской горной страны. Таласский Алатау, мощный и скалистый хребет Западного Тянь-Шаня, образует в верховьях рек Аксу и Джабаглы, по имени которых назван заповедник, горный узел высотой до 4000 м над ур. моря.
Для Западного Тянь-Шаня типичны четыре высотных пояса: предгорный или пояс низкогорных степей; лугостепной, или пояс высокоствольных арчовников; субальпийский и альпийский пояса (Культиасов, 1926). Первый, граничащий с предгорной полупустыней, ранее представлял собой целинную полынно-типчаковую, а местами ковыльно-полынную степь.
Около 30 растений заповедника включено в Красные книги СССР (1984) и Казахстана (1981): адиант венерин волос, можжевельник зеравшанский , безвременник желтый, лук пскемский, тюльпаны Грейга, Кауфмана, унгерния Северцова, иридодиктиум Колпаковского, юнона голубая и др.
Территория заповедника богата лекарственными растениями : целебными свойствами в той или иной степени обладают более 200 видов. Среди них есть принятые официальной медициной эфедра хвощевая, зверобой пронзенный, тысячелистник, облепиха и др., а также широко используется в народной медицине анафалис кистеносный, ферулы, корольковия Северцова, борец круглолстный, безвременник желтый, бибирштейния, эминиум Регеля, зизифоры, шалфей мускатный и др.
На сравнительно небольшой территории заповедника встречаются животные, характерные для различных ландшафтов Европы, Северной Африки, Передней и Центральной Азии. Из позвоночных животных на территории заповедника наиболее богато представлены (и более полно изучены) птицы, которых в разные сезоны года отмечено 239 видов, т. е. почти половина авифауны Казахстана. Несколько менее разнообразна фауна млекопитающих (42 вида), герпетофауна бедна (9 видов) батрахофауна и ихтиофауна представлены единичными видами. Фауна беспозвоночных достаточно обильна и разнообразна, но очень слабо изучена.
Из пресмыкающихся на территории заповедника чаще других встречаются щитомордники и узорчатый полоз.
Из 239 видов (255 подвидов) птиц, отмеченных в заповеднике , 123 вида гнездятся на его территории (38 видов , или 15%, встречаются в течении круглого года), прилетают на зимовку 24 вида (столько же - залетных), 85 видов встречаются только в период сезонных миграций. Их обширного отряда дневных хищных птиц в заповеднике встречаются на гнездовье 12 видов, причем 5 из них (бородач, беркут, змееяд, балобан, сапсан) занесены в Красную книгу СССР, а два - стервятник и орел-карлик - в Красную книгу Казахстана. Наиболее интересен из них бородач. Это одна из самых крупных (до 3 м в размахе крыльев)и красивых хищных птиц нашей фауны. Одна из красивейших птиц заповедника - райская мухоловка.
Млекопитающие ведут более скрытный образ жизни, чем птицы, и хотя на территории заповедника отмечено 42 вида, лишь немногие из них могут конкурировать с птицами в создании характерного облика того или иного высотного пояса. Прежде всего это крупные копытные и хищные, населяющие в основном высокогорье: архар, сибирский горный козел, медведь, снежный барс.
Из хищных млекопитающих заповедника наиболее часто встречается тянь-шанский бурый (белокоготный) медведь, обитающий преимущественно в верхних поясах гор. В последнее время в заповеднике живет около сотни медведей. Для сравнительно небольшой территории заповедника это немало, особенно если учесть редкость этого зверя, занесенного в Красную книгу СССР.
Из других интересных млекопитающих заповедника следует назвать занесенных в Красную книгу СССР туркестанскую рысь, красного волка (достоверных встреч с которым нет уже около полувека), каменную куницу, а также сурка Мензбира, обитающего фактически у самых границ заповедника, но вне его территории.
Одной из главных задач заповедника является присоединение к нему северных склонов хребта Джабаглытау до подножий, а также ущелья Карасай и Аксай общей площадью около 10 000 га. В этих районах сконцентрированы осенние, весенние и зимние пастбища архаров, места окота и укрытий самок с молодняком.
Большая работа ведется заповедником по пропаганде идей охраны природы и экологическому воспитанию населения. Издано несколько научно-популярных книг; в Музее природы читаются лекции, просматриваются фильмы о заповеднике.
Заповедник Аксу-Джабаглы, этот старейший научный центр, в результате будет представлять собой и крупную геосистему, достаточную для поддержания экологического равновесия в казахстанской части Западного Тянь-Шаня.