На самом деле, в плане названия именно города обсуждать нечего: ойконим Москва, по мнению большинства исследователей, произошёл от названия реки, а вот с чем связано название реки - действительно большой вопрос.
На этот счёт существует несколько теорий, основные из которых утверждают, что происхождение гидронима связано с языками проживавших на территории современной Москвы народов.