В 1783 г. Федор Федорович уже в чине капитана 1-го ранга, активно участвовал в строительстве военно-морской базы в Севастополе, в постройке кораблей в Херсоне. Один из новопостроенных мощных линейных кораблей - 60-пушечный «Святой Павел» поступил под его командование. Когда в 1787 г. Екатерина II посетила Севастополь и ознакомилась с созданным в короткое время флотом, она осталась очень довольна. В числе поощренных ею морских офицеров был и Ушаков, которого она произвела в капитаны бригадирского ранга.
Через полгода началась русско-турецкая война, которая сделала имя Ушакова известным не только в России, но и за ее пределами. Правда, первый боевой поход черноморской эскадры оказался неудачным. В виду Варны сильный шторм, продолжавшийся несколько дней, разметал корабли по морю, едва не погиб и «Святой Павел» Ушакова, но мужественный и искусный капитан сумел его спасти.
Летом 1788 г. эскадра вновь вышла в море и 3 июля встретилась с турецким флотом у острова Фидониси. Турки вдвое превосходили русских по числу кораблей, имели тройной перевес в орудиях и первыми открыли огонь по русскому авангарду («Святой Павел» и три фрегата). Расстояние не позволяло русским фрегатам вести эффективную стрельбу из 12-фунтовых пушек, и Ушаков, возглавлявший авангард, предпринял смелый маневр. Он приказал фрегатам обойти головные турецкие корабли с наветренной стороны, чтобы поставить их «в два огня», а сам на «Святом Павле» вышел из строя и решительно атаковал флагманский корабль Гассан-паши. В результате боя, продолжавшегося около трех часов, флагманский корабль противника получил серьезные повреждения. Это вынудило Гассан-пашу, а за ним и все корабли его эскадры покинуть район боя. Потемкин высоко оценил боевое искусство Ушакова, последний был награжден орденом святого Георгия 4-й степени, произведен в контр-адмиралы и получил начальство над всем корабельным флотом в Севастополе.
С этого момента началось подлинное боевое становление этого флота, стали закладываться его славные боевые традиции. В мае 1790 года. Федор Федорович ходил с эскадрой под стены Синопа и Анапы, жег и топил неприятельские корабли, разведывал турецкие крепости, огнем своих пушек наводил трепет на их гарнизоны. В июле у Керченского пролива он преградил путь турецкой эскадре, рвавшейся в Азовское море; смело маневрируя и ведя меткий огонь, Ушаков отразил атаку противника, а затем сам пошел вперед, сблизился с турками на дистанцию картечного залпа и ввел в действие всю артиллерию. Турецкие корабли, значительная часть которых получила повреждения, начали отход и смогли уйти от преследования лишь благодаря большой скорости. Федор Федорович был удостоен ордена святого Владимира 2-й степени.