Шуйский пытался укрепить войско после унизительных поражений, нанесённых царской армии сторонниками Лжедмитрия. При нём в России появился новый воинский устав — результат переработки немецких образцов. В то же время усилились центробежные тенденции, наиболее заметным проявлением которых было восстание Болотникова, подавленное только в октябре 1607 года.
В августе 1607 года на смену Болотникову пришёл новый претендент на престол — Лжедмитрий II. Царские войска были разбиты под Болховом (1 мая 1608). Царь со своим правительством был заперт в Москве; под её стенами возникла альтернативная столица со своей правительственной иерархией — Тушинский лагерь.

Свидание Скопина-Шуйского с Василием Шуйским в Москве
К концу 1608 года Шуйский не контролировал многие регионы страны. Выборгский трактат начала 1609 года обещал территориальные уступки шведской короне в обмен на вооружённую помощь царскому правительству (см. поход Делагарди). Командование русско-шведской армией принял на себя князь М. В. Скопин-Шуйский. Многие видели в молодом и энергичном полководце преемника пожилого и бездетного государя.