В конце XIX столетия Архив Александро-Невской Лавры пребывал со стороны лаврского начальства в пренебрежении и заброшенности. Не имея ни приличного помещения для хранения, ни надлежащего ухода он находился в то время в самом плачевном состоянии, так что некоторые дела его от сырости наполовину истлели.
Судьба Архива стала меняться с появления в 1898 г. на Петербургской кафедре митрополита Антония (Вадковского). Нужно заметить, что вообще со святительством владыки Антония связано возвращение Лавры, после долгого перерыва, на путь научно-просветительного служению Церкви. Близкий науке человек (в прошлом профессор Казанской Духовной Академии), митрополит Антоний, нашедши себе просвещенного помощника (Тулякова), оставил после себя в Лавре образцово устроенные: богатое Древлехранилище и научно оборудованный Архив.
Владыка Антоний, во времена своего профессорства писавший исследования по рукописным источникам и занимавшийся описанием Соловецких рукописей, с приходом на столичную кафедру сразу же обратил внимание на лаврский Архив, распорядившись о переводе его в сухое помещение и составлении описи. Уже к 1900 г. Архив полностью был размещен в отапливаемых помещениях, и имел инвентарную опись.
Инициатива же описания Архива Александро-Невской Лавры принадлежит известному церковному историку. Занимаясь в те годы в лаврском Архиве научными изысканиями, связанными с написанием своей «Истории Русской Церкви под управлением Святейшего Правительствующего Синода», Рункевич пришел к убеждению о необходимости его описания. Тем более что документы, хранившиеся в Архиве, были тесно связаны с церковной и гражданской историей времени становления Российского государства при Петре I и последующих периодов. Таким образом, содержание Архива, по мнению Рункевича, имело не только местное историческое значение как материал для истории Лавры и Петербурга, но и общеисторический характер.