Книга начинается мирным описанием жизни 9-летнего мальчика Бруно. Он, вместе с родителями и старшей сестрой, живет в Берлине. Семья Бруно – обеспеченная и вполне интеллигентная. Отец мальчика – военный офицер, которому так идет его форма, а особенно – красная повязка с черным крестом.
У отца Бруно есть начальник – Фурор, который направляет его на службу в отдаленный лагерь. Папа мальчика стремится сделать карьеру, поэтому он с радостью соглашается на переезд, несмотря на мнение остальных членов семьи.
И вот Бруно оказывается рядом с лагерем, обнесенным колючей проволокой. В «Ай-Выси» все ходят в полосатых пижамах, и Бруно поначалу завидует детям, находящимся там. Из небольшого фильма, снятого об этом лагере, герой узнает, что дети в полосатых пижамах могут ходить и играть где им вздумается.
Немного времени спустя Бруно знакомится с мальчиком из «Ай-Выси» - Шмуэлем. Бруно, не догадывающийся о том, что творится в лагере, искренне поражается – почему его новый друг такой худой, для чего на его пижаме нашивка с желтой шестиконечной звездой, почему Шмуэлю запрещено приглашать гостей. Однако Бруно, несмотря на запреты, каждый день тайно общается со своим другом. И однажды это приведет к трагедии…
В отличие от наивного девятилетнего Бруно, который до конца так и не понимает, что происходит в «Ай-Выси», мы постепенно догадываемся, чем занимается отец героя и что происходит за колючей проволокой.
«Мальчик в полосатой пижаме» - книга, несомненно, антифашистская и глубоко гуманная. Писатель показывает, что взгляды отца Бруно позволяют не только уничтожать миллионы невинных людей, но разрушают его семью, его самого. В финале комендант лагеря теряет всех дорогих ему людей, теряет смысл жизни: «Спустя пару месяцев в Аж-Высь пришли другие солдаты и велели отцу идти с ними, и он пошел — без возражений и даже с радостью, потому что ему было совершенно безразлично, что его ждет».
Последней и, наверное, самой тяжелой потерей этого героя становится его сын Бруно, вместе со Шмуэлем погибший от удушающего газа.
Страшный и такой реалистичный финал – сколько подобных историй видели стены Аушвица и подобных ему концлагерей! Бесчеловечность фашизма приводит в ужас всех жителей земного шара, однако человеческая память очень коротка. И вот уже снова появляются сторонники идей Гитлера, звучат его лозунги, молодые люди вкидывают руки в нацистском приветствии. Д. Бойн надеется, что «…все это никогда больше не повторится. Не в наши дни и не в нашем веке».