В роще невысокой липа да орешник разрослись широко. (союз "да"(в значении и) соединяет два однородных подлежащих "липа", "орешник")
Травы и цветы горячо и сладко пахли на припёке.(в первом случае союз "и" соединяет однородные подлежащие "травы", "цветы", а во втором случае однородные обстоятельства)
Его любили не столько за возвышенный ум, сколько за какую-то трогательную наивность и способность всему удивляться.(поставили запятую т.к. это сложное предложение, соединяет два простых предложения)
Речной жемчуг беловатого или желтого цвета встречается в озерах с чистой водой.(здесь запятая тоже не ставится, т.к. "беловатого" и "желтоватого" однородные определения)
надеюсь помогла:)