Самый достоверный - генетический анализ. По нему выстраиваются все цепочки - кто кому предок. Как в суде доказывается отцовство.
Ну и совершенно бескрайнее море находок палеонтологов, по ним тоже выстраиваются цепочки предок-потомок.
есть версия, что при внутриутробном развитии все млекопитающие проходят стадии рыбок. У зародышей на различных стадиях видны жабры. Глаза как у рыб и так далее.