Горы сформировались в результате мощных тектонических движений еще в эпохи байкальской, каледонской и герцинской складчатости на стыке крупных блоков земной коры - Китайской и Сибирской платформ. Во время палеозоя и мезозоя почти все горные сооружения были разрушены и выровнены. Таким образом современный рельеф гор Южной Сибири образовался не так давно в четвертичное время под воздействием новейших тектонических движений и процессов интенсивной речной эрозии. Все горы Южной Сибири относятся к складчато-глыбовым возрождениям.
Для рельефа гор Южной Сибири характерной чертой является контрастность и большая амплитуда относительных высот. В Основном преобладают сильно расчлененные среднегорные хребты с высотами от 800 до 2000 м. На склонах высоких альпийских хребтов с узкими гребнями и вершами до 3000-4000 м лежат ледники и вечные снега. Наиболее высоки горы Алтая, где находится высшая точка всей Сибири - гора Белуха (4506 м).
В прошлом горообразования сопровождались землетрясениями, разломами земной коры и внедрением интрузий с образованием разнообразных рудных месторождений полезных ископаемых, в некоторых районах эти процессы идут и сейчас. Этот пояс гор относится к сейсмическим районам России, сила отдельных землетрясений может достигать 5-7 балов