Как мне кажется, ответы таковы:
1) D. По окончаниЮ работы.
2) С.
3) С. Объясняю, почему. Задаём вопросы падежей, как указано, Родительного и Винительного.
Родительный: кого? чего?. Вопреки чего?
Винительный: кого? что?. Вопреки что?
Неужели подходит? :)
Так что, моя версия: 3) С.