By и with - предлоги творительного падежа. Если речь идёт о пассивном залоге, то предлог with берём, если можно задать вопрос: с помощью чего (чем?) произведено действие?
Пример: The bread is cut with a knife. (Xлеб нарезан ножом) Предлог with берётся с неодушевлёнными сущ., а by преимущественно перед одушевлёнными существительными.
Пример: This poem is written by Pushkin. (Cтихотворение написано Пушкиным.) (кем?) The letter is written by his sister. (Письмо написано его сестрой)
Предлог by может быть и предлогом времени и тогда отвечает на вопрос: к какому времени? К какому сроку? (by 5 o'clock - к 5 часам)