В 1539 году город получил губную грамоту. Через Каргополь шла торговля с Приморьем солью и рыбой. Царские грамоты давали привилегии в торговле. Помимо соли, купцы сплавляли лес, перекупали пушнину, поставляли железо. Окрестности были богаты залежами железной руды.
В 1703 году причислен к Олонецкой верфи, в 1708 - к Ингерманландской губернии.Один из наиболее населенных русских городов 16 века.