♣1. The mouse is in (в) the box. 2. The mouse is under (под) the hat. 3. The mouse is on (на) the shelf.
А в первом никакого it нет, но на будущее: it - это местоимение ОНО, а оно тут совершенно не нужно. Т.к. it - НЕ ПРЕДЛОГ!
Почему в первом In - потому, что мы лучше скажем что мышь В коробке, а не, например, на коробке. А во втором мышь ПОД шляпой, мы же не скажем, что она НА шляпе, верно же? Вот и объяснение.♣