Пожалуй, её главный недостаток - то, что она оказалась слишком хорошей в сравнении с Access. Как результат, компания Microsoft перестала поддерживать VFP после версии 9.0, чтобы все же продвигать Access.
Прочие недостатки как раз явились уже следствием - невозможность работы с .NET, с современными средствами доступа к "большим" СУБД и т.д. Далее, отсутствуют способы защиты данных, данные не шифрованы, открыто лежат в файле.
А так, говорить о недостатках абстрактно - это неверно. Можно говорить о недостатках в сравнении с какой-то другой, более удачной СУБД.