Первое отличие, конечно же, форма. Шаровидные (кокки) имеют овальную форму, а палочковидные (бациллы), как не удивительно, форму палочки, немного напоминающую цилиндр.
Второе отличие уже несет какую-то биологическую роль. Кокки размножаются только в благоприятной среде, однако в неблагоприятной они НЕ могут образовывать споры. Бациллы же, спороносные, т.е. могут образовать споры, если среда неблагоприятна.