Ромашка аптечная размножается исключительно семенами. Она обладает высокой семенной продуктивностью — в среднем одна особь продуцирует 5000 семян[19]. С 1 га культурной плантации собирают около 100 кг семян ромашки[23].Семена разносятся ветром, дождевыми и талыми водами. Разнос семян на значительное расстояние возможен благодаря их малым размерам и весу. Расселению в большой мере способствует человек.Для прорастания семян и появления всходов необходимо сочетание благоприятных температурного, водного и светового факторов, поэтому далеко не все семена прорастают. Ромашка медленно развивается на этапах всходов и ювенильных растений, не выдерживает конкуренции с более быстро развивающимися видами, и массово гибнет от затенения, и в итоге выпадает изтравостоя[31]; может появляться на короткое время в разных районах[32].