Главным итогом правления Ивана III стало объединение вокруг Москвы бо́льшей части русских земель. Под рукой великого князя были объединены: Новгородская земля, долгое время бывшее соперником Москвы Тверское княжество, Ярославское, Ростовское, и частично Рязанское княжества, Вятская земля. После успешных войн с Великим княжеством Литовским власть Великого князя всея Руси распространилась на Новгород-Северский, Чернигов, Брянск и ещё ряд городов (составлявших до войны около трети территории Великого княжества Литовского); умирая, Иван III передал своему преемнику в несколько раз бо́льшие земли, чем принял сам. По замечанию А. Е. Преснякова, смыслом этих процессов было не собирание земель, а «собирание власти» в руках великого князя. Кроме того, именно при великом князе Иване III Российское государство становится полностью независимым: в результате «стояния на Угре» власть ордынского хана над Русью, длившаяся с 1243 года, полностью прекращается. При этом Русским государством был заимствован ордынский военно-административный стиль управления, в результате чего, по словам Н. С. Борисова «холопство великого князя перед ханом сменилось холопством всех перед великим князем».
Годы правления Ивана III также ознаменовались успехами во внутренней политике. В ходе проведённых реформ был принят свод законов страны — «Судебник» 1497 года. В это же время закладываются основы приказной системы управления, а также появляется поместная система. Были продолжены централизация страны и ликвидация раздробленности; правительство вело достаточно жёсткую борьбу с сепаратизмом удельных князей. Эпоха правления Ивана III стала временем культурного подъёма. Возведение новых зданий (в частности, московского Успенского собора), расцвет летописания, появление новых идей — всё это свидетельствует о значительных успехах в области культуры.
К негативным аспектам правления Ивана III историки относят усиление деспотичной самодержавной власти и чрезмерное использование насилия в решении государственных дел. Так, по словам историка XIX века Н. И. Костомарова власть Ивана Васильевича «переходила в азиатский деспотизм, превращающий всех подчиненных в боязливых и безгласных рабов», а проводимые им репрессии привели к тому, что в обществе начал «господствовать бессмысленный страх перед силою, а не сознательное уважение к законной власти». Одной из причин подобного развития событий Костомаров видит в том, что «возвышая единовластие, Иван не укреплял его чувством законности». По словам канд. ист. наук А. В. Воробьева нарождающееся самодержавие принимало патримониальную форму — правитель играл символическую роль отца по отношению к подданным, не только диктуя им свою волю, но и обеспечивая защиту. Как отмечает историк Н. С. Борисов, одним из средств усиления авторитета центральной княжеской власти были «жестокие расправы с теми, кто так или иначе становился на её пути», а саму систему самодержавной власти «пришлось создавать на костях недовольных». В результате «любое сопротивление державной воле государя отныне рассматривалось как государственное преступление и влекло за собой суровое наказание». А. Е. Пресняков писал, что новая самодержавная власть выросла «на развалинах традиционного строя отношений, освященного вековыми навыками моральных и правовых воззрений», перестроив их таким образом, что в обществе развилась мысль об абсолютной власти князя «самодержавном в своем абсолютизме, в своей свободе от всяких традиционных норм, кроме одной — своей владельческой воле»