Байкальский заповедник расположен в южной части республики Бурятия. Большая часть заповедника находится на территории хребта Хамар-Дабан. Условно заповедник разделяют на 2 части: большую – северную (северный макросклон хребта и полосу байкальского побережья) и малую – южную. Северная граница проходит по берегу озера Байкал, отделенная от самого озера Транссибирской магистралью и шоссе. Создан 26 сентября 1969 г. для сохранения экосистем побережья Байкала и центральной части хребта Хамар-Дабан. Байкальский заповедник входит в состав участка объекта Всемирного природного наследия – Озеро Байкал. С 1985 года в подчинении заповедника находится Кабанский природный заказник. С 1975 года заказник «Кабанский» отнесен к водно-болотным угодьям международного значения. В 1986 году заповедник был включен в международную сеть биосферных резерватов. С 1996 года территория заповедника и заказника входит в состав участка Всемирного природного наследия «Озеро Байкал».
Площадь заповедника составляет 165 724 га с учетом изменений, внесенных распоряжением СМ РСФСР от 20 июня 1973 года. Заповедник окружает полоса охранной зоны шириной от 0,5 до 4 км общей площадью 34 788 га.
При заповеднике имеется Музей Природы. По южной границе заповедника (водораздел хр. Хамар-Дабан) проходит ряд категорийных туристских маршрутов.