Главным признаком можно назвать наличие оформленного ядра у эукариот. У прокариот оформленного ядра нет, они имеют кольцевую молекулу ДНК.0
Рибосомы в клетках прокариот гораздо меньше, чем в клетках эукариот.
Также прокариоты не имеют ряда органоидов, присущих эукариотам (митохондрии, ЭПС, клеточный центр и т.д.).
Да и сама клетка прокариот меньшем, чем клетка эукариот.