Їжаки-риби харчуються коралами, тверді вапняні скелети яких утворюють рифи, але виявляються нездатними захистити поліпи від зубів хижаків. Їжаки-риби відгризають шматочки коралів і дроблять їх гострими пластинками, що замінюють їм зуби. Ковтають вони тільки їстівні частини. Залишки вапняних скелетів поліпів накопичуються в їхніх шлунках у вигляді порошку, а потім видаляються з організму. Одного разу в шлунку спійманої риби-їжака знайшли майже 0,5 кг подрібнених коралових скелетів. Риби-їжаки харчуються також молюсками і устрицями