В черновых тетрадях Чюрлёниса было обнаружено более полусотни фортепианных пьес. Наследие Чюрлёниса продолжает публиковаться и разбираться. В 1907 году Чюрлёнис создал симфоническую поэму «Море», которая считается гордостью литовской музыки.
Чюрлёнис автор более 300 живописных произведений, в числе которых «Соната солнца», «Соната весны», «Соната моря», «Соната звёзд», триптих «Сказка», цикл «Сказка королей», циклы «Сотворение мира», «Знаки зодиака», «Весна», «Зима», «Жемайские кресты». Произведения находятся в Каунасском художественном музее им. Чюрлёниса. В Друскининкае есть Мемориальный дом-музей Чюрлёниса (филиал музея в Каунасе).