Если у вас микрофон который подключается через разъем jack (розового цвета), то за его работу отвечает звуковая карта и usb контроллер никак не связан с ним. Если у вас usb-микрофон, то да, от usb-контроллера он зависит, но непонятно в чем у вас проблема, он вообще не работает, или то работает, то нет?