Началась унификация в соответствии с «греческим» образцами церковных книг. Были внесены изменения в ряд обрядов. В частности введено троеперстное (тремя пальцами) крещение. В соответствие с греческими образцами стали приводиться иконы. Из греческой церкви были заимствованы одежда и облачение духовенства.
Но переход к новым обычаям был слишком резким. Новшества зачастую насаждались силой. Старые церковные книги и многие иконы изымались и уничтожались, преследованиям стали подвергаться люди, не желавшие перемен.
На Поместном соборе 1656 года, собранным Никоном для продолжения своей реформы, все продолжающие креститься двуперстно были прокляты. Это вызвало ещё большее недовольство действиями патриарха.
В 1657 году произошёл конфликт между Никоном и царём Алексеем Михайловичем. Патриарх часто критиковал власть за ущемление прав церкви, оспаривал с правителем право верховной власти, самостоятельно проводил церковные преобразования. Всем этим воспользовались недовольные влиянием Никона бояре, которые смогли настроить царя против патриарха.
В знак протеста, в 1658 году, Никон покинул Москву и поселился в Воскресенском монастыре. Он рассчитывал на то, что царь самолично попросит патриарха вернуться, тем самым подчеркнёт его значимость и влияние.
Но этого не произошло. На Большом Московском соборе 1666 – 1667 годов патриарх Никон был извержен из патриаршества и сослан в Ферапонтов монастырь.
С прекращение деятельности Никона многие его противники ожидали и свёртывание его реформ.
Но Большой собор утвердил все преобразования Никона. Он же наложил анафемы на все старые церковные книги и обряды. Сторонники старых обрядов были объявлены еретиками. В Русской православной церкви окончательно утвердился раскол.
Сторонников старых церковных порядков стали называть старообрядцами. Их движение – раскольничеством.
Часть населения выражала недовольство этим нововведением. По стране прокатилась волна стихийных бунтов, грозившая вылиться в новую Смуту. Но главную опасность представляли «идеологи» раскольничества. Хотя в соответствии с решением Большого собора, лидеры старообрядцев должны были быть преданы гражданскому суду, и по нормам Соборного уложения им грозила смерть через сожжение, многие из них продолжали свою деятельность.
Только жёсткие меры государства (аресты, ссылки, ущемление в правах влиятельных старообрядцев и сочувствующих им, а так же казнь одного из главных противников новшеств протопопа Аввакума и его сторонников) не позволили ситуации вылиться в серьёзный конфликт.
Таким образом, к концу 17 века влияние Русской православной церкви на государственную власть значительно уменьшилось.
В это же время, в ходе реформы патриарха Никона, была проведена унификация православных обрядов, богослужения и церковных текстов. Она привела к расколу в Русской церкви и образованию особой ветви православия – старообрядчества.