Новгородом на тот момент времени управляло вече, что уже являлось слишком большой свободой в то время для русских земель. Они, насколько я помню, не поддерживали политику Ивана III(но это не точно). Князь решил ликвидировать эту самостоятельность, причём весьма суровым способом. Тем самым Новгород присоединили в 1478.