В романе автора проводит параллель между современным миром - Москвой 30х годов, и 1 веком нашей эры. В рукописи своего героя Булгаков раскрывает другую историю. Она занимает всего 4 главы в романе, но несет большую смысловую нагрузку. Здесь описывается сцена суда и казни бродячего философа Иешуа Га-Ноцри. Не сложно проследить в этом герое прообраз Иисуса Христа. Автор романа дает свою трактовку тех событий, произошедших в городе Ершалаиме. В ней прослеживается оригинальный библейский сюжет, однако с некоторыми изменениями. Объяснение этого вкладывается в уста Иешуа. Философ говорит, что заглянув в свиток своего единственного последователя Левия Матвея, он увидел, что тот неправильно записывает события. Именно возможность неверного изложения прошедших событий хотел передать автор, изменяя некоторые события и факты и сделав Иешуа обычным человеком, но полным чистоты и света.