До последней четверти XIX в. в эмирате существовали автономные шахства, такие как Каратегин и Дарваз были независимыми шахствами, управлявшимися местными правителями — шахами . На Западном Памире имелось четыре шахства (Шугнан). Каждое шахство делилось на административные единицы, называвшиеся сада ( сотня) или панджа ( пятерка). Шугнан и Рушан делились на шесть сада каждый. Во главе каждой сада или панджа стоял аксакал (старейшина).
Низшим чином сельской администрации являлся арбаб ( староста), обычно один на каждую деревню.