В романе рассказывается о мальчишке, который живет в городке под названием Санкт-Петербург в штате Миссури. Действие происходит до Гражданской войны. Мальчик живет со своей тетей Полли и периодически попадает в разные сомнительные ситуации, получая нагоняй от тетки. На самом деле весь роман описывает всего несколько месяцев из жизни мальчишки и его друзей. Шаловливый и непоседливый Том постоянно попадает в передряги, сбегает с занятий. За такой проступок ему назначается наказание - покрасить забор. Будучи очень изобретательным мальчиком, Том делает вид, что это такое огромное удовольствие и великая честь, что мальчики, пришедшие его подразнить, в итоге сами же напрашиваются красить и даже платят за такую возможность. Кстати, оттуда и пошло выражение "дело Тома Сойера", то есть работа, которую ты делаешь да еще за это и платишь.