Почему зрелые половые клетки одного организма несут разные комбинации генов

Потому что есть мейоз, а с мейозом - независимое расхождение гомологических хромосом и последующая гаплоидность хромосомного набора гаметы, а при учете неодинаковости парных гомологических хромосом - разные комбинации генов.