В слове ЦИФРА корень -цифр-, так как -а- - это окончание.
Почему в слове ЦИФРА Ц подчеркивается двумя чертами, а И - одной?
Вот почему:
Есть такая орфограмма ЖИ - ШИ, так вот, в ней тоже подчеркивается Ж и Ш двумя чертами, а гласная - одной, здесь же - аналогично, просто сменилось на Ц ( Есть исключения, как: цыгане, цыплёнок... Но, из любого правила есть исключение ). Я думаю, это связано с тем, что по согласной обычно в большей степени определяют орфограмму, а гласная ничего особенного не покажет, поэтому согласную подчеркивают двумя чертами, а гласную - одной, соответственно.