Достоверных сведений о жизни Гераклита сохранилось немного. Он родился и жил в малоазийском городе Эфесе, его акме приходится на 69 олимпиаду (504—501 гг. до н. э.), из этого можно приблизительно вывести дату его рождения (около 540 г. до н.э.) По некоторым данным, принадлежал к роду басилевсов (царей-жрецов с чисто номинальной властью во времена Гераклита), потомков Андрокла, однако добровольно отказался от привилегий, связанных с происхождением, в пользу своего брата.
Диоген Лаэртский сообщает, что Гераклит, «возненавидев людей, удалился и стал жить в горах, кормясь быльём и травами». Он же пишет, что к философу в его добровольном изгнании явился ученик Парменида Мелисс и «представил Гераклита эфесцам, которые не хотели его знать»[4].
Биографы подчёркивают, что Гераклит «не был ничьим слушателем»[4]. Он, по-видимому, был знаком с воззрениями философов Милетской школы, Пифагора, Ксенофана. Непосредственных учеников у него также, скорее всего, не было, однако его интеллектуальное влияние на последующие поколения античных мыслителей значительно. С сочинением Гераклита были знакомы Сократ, Платон и Аристотель, его последователь Кратил становится героем одноимённого платоновского диалога.
Мрачные и противоречивые легенды об обстоятельствах смерти Гераклита («велел обмазать себя навозом и, лёжа так, умер», «сделался добычей собак») некоторые исследователи интерпретируют как свидетельства о том, что философ был погребён по зороастрийским обычаям. Следы зороастрийского влияния обнаруживаются и в некоторых фрагментах Гераклита[5].
Император Марк Аврелий в своих мемуарах пишет, что Гераклит умер от водянки, а навозом обмазался в качестве средства от болезни[6].
Гераклит является одним из основоположников диалектики.