Идея экспедиции во многом являлась повторением идеи Колумба: достичь Азии, следуя на запад. Колонизация Америки ещё не успела принести существенных прибылей в отличие от колоний португальцев в Индии, и испанцам хотелось самим плавать к Островам Пряностей и получать выгоду. К тому времени стало ясно, что Америка — это не Азия, но предполагалось, что Азия лежит сравнительно недалеко от Нового Света[1]. В 1513 году Васко Нуньес де Бальбоа, пройдя Панамский перешеек, увидел Тихий океан, названный им Южным морем. С тех пор пролив в новое море искало несколько экспедиций. В те же годы португальские капитаны Жуан де Лишбоа (порт.)русск. и Иштебан Фроиш (порт.)русск. дошли примерно до 35° ю. ш. и открыли Ла-Плату. Они не могли его серьёзно исследовать и приняли огромный затопленный эстуарий Ла-Плату за пролив[2].
В 1515 году Испания послала экспедицию из 3 судов на поиски пролива во главе с Хуаном Диасом де Солисом. Он достиг Ла-Платы и, высадившись на берег, начал исследования на суше, но местные жители его съели, и вскоре два оставшихся корабля вернулись в Испанию[3].
Магеллан, судя по всему, имел подробные сведения о поисках португальцами пролива и, в частности, о Ла-Плате, которую он считал проливом в Южное море. Эта уверенность сыграла важную роль в планировании им экспедиции, однако он был готов к поискам других путей в Индию, если этот окажется ложным[1].
Ещё в Португалии важную роль в подготовке экспедиции играл компаньон Магеллана астроном Руй Фалейру. Он создал способ исчисления долготы и произвел вычисления, из которых следовало, что Молуккских островов легче достичь, отправляясь на запад, и что эти острова лежат в полушарии, «принадлежащем» Испании по Тордесильясскому договору[1]. Все его расчёты, как и способ исчисления долготы, впоследствии оказались неверными. Какое-то время Фалейру числился в документах по организации плавания перед Магелланом, но в дальнейшем он всё больше оттесняется на второй план, и командующим экспедиции назначается Магеллан. Фалейру составил гороскоп, из которого следовало, что ему нельзя отправляться в экспедицию, и остался на берегу