"на судах бьют полночную склянку" - склянка это песочные часы и на судах этих песочных часов каждый переворот равнялся минуте.
"остался на вахте" - остался на службе, охраняя что-либо.
если я правильно поняла, линия карандашом это деление на части текста. в первой части говорится о тяжёлом дне действующих персонажей, а во второй о том, как прошёл ночной караул.