оба являются структурными единицами вещества,но при этом говоря об атоме мы имеем в виду атом одного определённого элемента атом кремия,атом кислорода и тд.Тогда как молекула,как правило,включает в себе несколько химически связаны атомов молекула кислорода-02,молекула соляный кислоты-HCI и тд.