Подцарство архебактерии (Archaebacteria, или Archaebacteriobionta): сюда относятся главным образом метансинтезирующие бактерии, для анаэробного дыхания использующие как акцептор электронов преимущественно CO2 и восстанавливающие его до СН4. Наиболее архаичный из типов прокариот; от более продвинутых бактерий (Eubacteria) отличаются строением клеточной стенки и структурой генома. Хемоавтотрофы , обитающие в различных экстремальных местообитаниях (в океанских глубинах близ подводных вулканов, в горячих источниках и т.п.).
Мембраны однослойные, липидные. Липиды не образуют триглицеридов. Нечувствительны к антибиотикам, но чувствительны к токсину дифтерии. К архебактериям относятся метанобразующие микроорганизмы, бактерии солоноватых водоемов, ацидофильные бактерии. Древнейшие следы архебактерии - следы деятельности метан-образующих микроорганизмов - обнаружены в слоях архея возраста 2,8 млрд лет. Метан образуется архебактериями, живущими в болотах, на затопленных водой рисовых полях. Метан наряду с двуокисью углерода влияет на возникновение "парникового эффета", ведущего к потеплению климата на нашей планете. Важнейшие поставщики продуцируемого архебактериями метана - болота Западно-Сибирской низменности и Амазонии, рисовые поля Кубани, Средней Азии и юга Казахстана, Китая, Японии, стран Юго-Восточной Азии, Индостана.