Окончания глаголов не проверяются ударением, а зависят от типа спряжения глаголов. Гласная Е пишется в окончаниях глаголов I спряжения, а гласная И пишется в окончаниях глаголов II спряжения.
Глагол МЕЛЕТ относится к I спряжению, так как его личные окончания безударны, а в инфинитиве он оканчивается на -ОТЬ: МОЛОТЬ, поэтому и пишем в 3 лице единственного числа окончание -ЕТ.