Дочь князя Василия Львовича из литовского рода Глинских и его жены Анны Якшич, которая была родом из Сербии, дочери сербского воеводы.
Дядя Елены, князь Михаил Львович, был крупным государственным деятелем Великого княжества Литовского. После поражения мятежа Глинских бежал вместе с родственниками в Москву. Среди беженцев была и юная Елена.
По родословной легенде, которая присутствует в ряде частных родословцев, Глинские ведут происхождение от Мамая[2][3], «коего на Дону побил Дмитрий Иванович»[4]. Однако отношение к этой версии происхождения Глинских уже в XVI веке было критическим, вероятно поэтому она не попала в Государев родословец, хотя Глинские и состояли в родстве с Иваном Грозным. По другой версии Глинские могли происходить от Ольговичей (одной из ветвей Рюриковичей)[5].
До изгнания Глинские владели городами и землями на территории нынешней Левобережной Украины.