В рельефе страны преобладают равнины с высотами 200—500 м над уровнем моря.
На северо-западе расположен массив Аир — система разновысотных плато, простирающаяся на 400 км с севера на юг и на 250 км с запада на восток.
Высшая точка, гора Багезан, достигает 1900 м.
Плато наклонено к западу, густо изрезанному вади — сухими руслами рек, наполняющимися в сезон дождей. Восточная часть Аира круто обрывается к огромной песчаной пустыне Тенере площадью около 400 тыс. км². В северной (Тенере-Тафасасет) и центральной части Тенере, между плато Аир и Джадо, находятся подвижные песчаные дюны.
В центре Тенере расположен Кавар — обрывистая местность со многими оазисами.
В южной части Тенере редкая трава и кустарники сдерживают пески и создают закреплённые дюны. К западу от плато Аир находится равнина Талак — пустыню с подвижными дюнами площадью 2-3 тыс. км. Примыкающая к Аиру часть равнины сложена глинами и орошается с вади в сезон дождей, что делает её хорошим пастбищем для кочевников.
На северо-востоке расположены песчаниковые плато Джадо и Мангени. Восточнее, на границе с Чадом — плато Афафи и Чигаи. Эти плато имеют обрывистые склоны, изрезаны каньонами и трудно доступны для человека. На юго-востоке находится полупустыня Манга — Высушенная котловина озера Чад. Юг страны занимают равнины с отдельными выходами кристаллических пород
Основные месторождения полезных ископаемых находятся в выходах кристаллических пород на плато Аир и Липтако, а также в осадочных породах центра и востока страны.
Главным богатством страны является урановая руда, по запасам которой Нигер находится на девятом месте в мире (на шестом по добыче) . Разведанные запасы урановой руды (окиси урана) оцениваются в 200 тыс. т. Основные залежи урана расположены на западе плато Аир. Добыча ведётся в городах Арлит и Акута. Поисковые работы на уран ведутся также на плато Джадо, большие запасы обнаружены в оазисах Кавара, есть предположение, что распространение урана в Нигере гораздо более обширно.
Помимо урана страна богата и другими ископаемыми.
К северу от города Агадес находится месторождение каменного угля Ану-Арарен, запасы которого составляют около 6 млн т. Невысокое качество угля компенсируется низкой глубиной залегания (около 40 м) .
На востоке Нигера, в осадочных породах котловины Манга и озера Чад находятся нефтеносные слои. Месторождение железной руды около города Сай содержит 600—700 млн т сырья. В районе города Тапоа залегает крупное месторождение фосфоритов (500 млн т) .
В окрестностях селений Тимиа и Эльмеки добывается касситерит, содержащий вольфрам и тантал, также обнаружены месторождения у города Зиндер.
Близ города Мальбаза имеются большие запасы известняка и гипса.
В оазисах Бильма, Фаши и Тегиддан-Тесум разработаны месторождения поваренной соли. В отложениях реки Сирба обнаружены незначительные золотые россыпи.
Обнаружены медь, ниобий, литий, марганец, кобальт, никель и другие полезные ископаемые