Нервная: представлена головными ганглиями, окологлоточным кольцом и нервными стволами, которые отходят от него: два боковых, брюшной и спинной. Между стволами имеются перемычки. Органы чувств почти не развиты, представлены органами химического чувства и осязательными бугорками.
Пищеварительная система круглых червей состоит из ротового отверстия, которое окружено кутикулярными губами; пищеварительной трубки, которая продолжается из кутикулярных губ на переднем конце тела и оканчивается анальным отверстием на заднем. Пищеварительная трубка делится на три отдела: передний, средний и задний. У некоторых видов нематод имеется расширение пищевода – бульбус.
Выделительная система круглых червей сформирована по принципу протонефридиев, но выделительных клеток гораздо меньше. Выделительную функцию также выполняют специальные фагоцитарные клетки, накапливающие продукты метаболизма и инородные тела, которые попали в полость червя.
Половая система у круглых червей уже не является гермафродитной, как у плоских. У этого типа присутствует разнополость, при этом размножаются круглые черви только половым способом. Развитие круглый червей ограничено из-за ограниченного количества клеток, которые составляют тело круглого червя.