Windows - (с англ.) окна.
Зная ОС Windows, становится понятно, почему назвали систему именно так: вся работа в системе строится на использовании так называемых окон - графических рабочих областей, которые отображают заданную программу.
Так и с ассоциациями: окно - какая-то выемка в стене для зрительной связи с окружающим миром, в компьютере же, образно говоря, окно тоже служит связью человека с процессором.