) Различными генами, которые кодируют белки (кодируют различные последовательности аминокислот, которые и обуславливают специфичность белка) . Белки, благодаря этому, могут попадать в конпартмент вследствие специфической метки - части последовательности аминокислот в белке;
2) Сплайсингом белков - отщеплением интеина, внутренней части белка, с появлением новых связей между остатками;
3) Структурой белка - первичной, вторичной, третичной и четвертичной. На Здоровье :))