Синтетическая теория эволюции отличается от дарвиновской теории по ряду важнейших пунктов:
• она ясно выделяет элементарную структуру, с которой начинается эволюция; в настоящее время такой структурой считается популяция, а не отдельная особь или вид, который включает в свой состав несколько популяций;
• в качестве элементарного явления или процесса эволюции современная теория рассматривает устойчивое изменение генотипа популяции;
• она шире и глубже истолковывает факторы и движущие силы эволюции, выделяя среди них факторы основные и неосновные.
Кроме этого существенное отличие синтетической теории эволюции от дарвиновской состоит в четком разграничении областей исследования микроэволюции и макроэволюции.