Эволюция птиц началась, согласно традиционным представлениям, в юрском периоде. Согласно этой версии, самым древним из известных видов птиц считается археоптерикс (Archaeopteryx lithographica). Птицы в этом случае рассматриваются как специализированные представителитеропод, близкие к другим оперённым динозаврам из группы манирапторов, например дромеозавридам.
Вместе с тем ряд авторов придерживается альтернативной версии, согласно которой, первой достоверной находкой птиц является довольно спорное ископаемоепротоавис из позднего триаса. Согласно этой версии, и птицы, и тероподы произошли от одной из более ранних групп архозавров.
В настоящее время выдвинуто несколько различных гипотез происхождения и эволюции птиц, но общепринятой филогении нет.